27 февраля 2009 года группа паломников во главе с Архиепископом Херсонским и Таврическим Иоанном вернулась из паломнической поездки по Святой Земле. За время этого паломничества Владыка Иоанн отслужил четыре Божественные Литургии: на Гробе Господнем в Иерусалиме, в Вифлееме на месте Рождества Христова, в храме 12 Апостолов в Капернауме и у колодца Иакова в Самарии, где произошла встреча Господа с самарянкой. Литургию на Гробе Господнем, в день 22-й годовщины своей иерейской хиротонии, Архиепископ Иоанн служил с Архиепископом Константинским Аристархом и Архиепископом Ярославским и Ростовским Кириллом.
В Вифлееме Божественную Литургию Владыка Иоанн совершал вместе с Архиепископом Иорданским Феофилактом. В храме 12 апостолов в Капернауме Литургия совершалась в поминальную родительскую субботу. Затем была отслужена панихида по почившим православным христианам. В храме мученицы Фотинии, воздвигнутом над колодцем Иакова, херсонские паломники побывали впервые, т.к. в виду боевых действий, происходящих длительное время в этой местности, попасть в этот храм ранее не предоставлялось возможности. В своем приветственном слове настоятель храма архимандрит Иустин отметил, что сегодняшняя Литургия в нововоздвигнутом храме - это первая архиерейская Литургия, совершенная русским архиереем. Долгое время храм находился в разрушенном состоянии и только несколько лет назад его удалось вновь отстроить. В память об этом событии архимандрит Иустин приподнес в дар Архиепископу Иоанну панагию с изображением беседы Спасителя с самарянкой. Находясь у великих христианских святынь Владыка Иоанн молился за свою херсонскую паству, за свою страну и свой народ, прося милости Божией в это трудное для всех нас время.