С 18 по 28 октября 2012 года группа паломников, которую возглавил Архиепископ Херсонский и Таврический Иоанн, совершила поездку в Святую Землю. Паломники посетили Святой Град Иерусалим, Назарет, Вифлеем, Капернаум, Яффу, Иерихон, Виффагию, Вифанию,Табгху, Хеврон, Наблус, святые горы Фавор, Елеон, Блаженств и Сион, а также многие другие святые места, связанные с земной жизнью Господа нашего Иисуса Христа, Его Пречистой Матери, святых Апостолов и многих угодников Божиих.
Во время паломнической поездки у святынь Владыка Иоанн совершил пять Божественных Литургий: ночную в храме Воскресения на Гробе Господнем (20 октября), в базилике Рождества Христова (22 октября), в монастыре Сорокадневной Горы (24 октября), в монастыре 12 Апостолов в Капернауме (26 октября), в монастыре Марии Магдалины в Магдале (28 октября). Также были совершены молебны, чтение Евангелия и акафистов у многих святынь. Паломники были на приеме у Патриарха Иерусалимского Феофила, которому Архиепископ Иоанн преподнес в дар икону святителя Иннокентия Херсонского, а также в Троицком соборе Русской Духовной Миссии. Паломники молились в монастырях, таких как: Спасо-Вознесенский, равноап. Марии Магдалины, Горненский, Илии Пророка, свв. Феодосия Великого и Саввы Освященного, свв. прав. Лазаря, Марфы и Марии, прп. Георгия Хозевита, прп. Герасима Иорданского, Сорокадневной Горы, Преображения Господня. Паломники совершили окунание в священных водах реки Иордан, в которой крестился наш Господь Иисус Христос. Исполненные благодати Божией от посещения святых мест, паломники радостные и одухотворенные вернулись на родную землю.