Архимандрит Нектарий (Бабенко Николай Васильевич) родился 15 октября 1960 года в городе Херсоне. 25 ноября 1960 года был крещён в храме в честь Рождества Пресвятой Богородицы (Греческий храм) города Херсона протоиереем Зиновием Пальжок с именем Николай в честь свт. Николая Чудотворца. Окончив среднюю школу и пройдя службу в армии, получил ряд технических специальностей. С 1978 по 1991 год работал на государственных предприятиях.

С конца 1980-х гг. нёс послушание алтарника в церкви апостола Иоанна Богослова села Зеленовка и в 1991 году принял окончательное решение посвятить свою жизнь служению Богу и Его Церкви. 17 и 19 декабря 1991 года митрополитом Херсонским и Таврическим Леонтием (Гудимовым) Николай  Бабенко был рукоположен в диаконский и священнический сан.

Своё пастырское служение иерей Николай начал в Покровской церкви пгт. Горностаевка, куда был назначен в качестве настоятеля. В 1992 году был направлен штатным священником в Свято-Григорьевский Бизюков монастырь села Красный Маяк Бериславского района, где со временем был назначен благочинным монастыря. В 1993 году священник Николай был удостоен сана протоиерея. С 1995 по 2000 гг. нёс послушание настоятеля храма в честь Рождества Пресвятой Богородицы села Старая Маячка Цюрупинского района и Введенского храма села Фёдоровка Белозёрского района Херсонской епархии.

С 2000 года протоиерей Николай становится клириком Владимирской епархии Русской Православной Церкви и назначается штатным священником Свято-Троицкого Стефано-Махрищского женского монастыря. В связи с присвоением в 2004 году Махрищскому женскому монастырю статуса ставропигиального, протоиерей Николай был назначен штатным клириком Успенского женского монастыря города Александрова. За время своего служения в монастырях Владимирской епархии протоиерей Николай, согласно отзыву правящего архиерея, зарекомендовал себя как «смиренный служитель алтаря Господня, который богослужение совершает с высоким молитвенным настроем, со вниманием и самоотвержением несёт своё пастырское послушание в обители».

В 2013 году, по семейным обстоятельствам, отец Николай возвращается в Херсонскую епархию. В скором времени после возвращения протоиерей Николай Бабенко назначается штатным клириком Свято-Духовского кафедрального собора города Херсона.

За время своего многолетнего служение Православной Церкви отец Николай был удостоен многих церковных наград: архиерейскими грамотами и епархиальными медалями, права ношение палицы (2005 г.), наперсного креста с украшениями (2014 г.), митры (2015 г.).

В 2017 году отец Николай принимает решение принять монашеский постриг. Митрополитом Херсонским и Таврическим Иоанном (Сиопко) 29 марта 2017 года протоиерей Николай был пострижен в монашество с наречением имени Нектарий, в честь свт. Нектария Эгинского. В этом же году иеромонах Нектарий (Бабенко) возводится в сан архимандрита.

Здоровье архимандрита Нектария сильно пошатнулось в мае 2018 года. По состоянию здоровья отец Нектарий не мог совершать богослужение в храме, но продолжал регулярно причащаться Святых Христовых Тайн. После тяжёлой болезни архимандрит Нектарий (Бабенко) мирно отошёл ко Господу 17 января 2019 года.

Отпевание архимандрита Нектария состоится 21 января в 9.30 в Свято-Духовском кафедральном соборе после заупокойной Божественной Литургии.